MrEnt(系统发（fā）育树绘制软件)，一个方（fāng）便，易于使用（yòng）的图形编辑器，专为设计（jì）的进化树，让（ràng）你应用大量的（de）图形格式到你的树（shù）中的元素。此（cǐ）外，它支持多种（zhǒng）（有形或无形）的每个分支或节点的说明（如支持的值）。这些注释可以导入从Nexus树中的文件（jiàn）或文（wén）本文件，其中包含表中的（de）数据（例如，从一个（gè）电（diàn）子表格程序导出）。清风网络提示: 该（gāi）软（ruǎn）件（jiàn）要求您的电脑要（yào）装有Java环境（jìng）（进入（rù）下载jre.Java环境）才能正常使用。
蛋白质序列，蛋白质结构等来构建系（xì）统发（fā）育树，或者通（tōng）过蛋白质结（jié）构比较包括（kuò）刚体结构叠合和多结构特征比（bǐ）较等方法建立结（jié）构进（jìn）化树。
•系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度（dù）。
•根据拓扑结构（gòu）的不（bú）同系统发（fā）育树可以分为有根树和无（wú）根树。
有根树有一个根节点（diǎn），代表（biǎo）所有其它节点的（de）共同祖先，从根（gēn）节点只有唯一路径经进化（huà）到达其他（tā）任（rèn）何（hé）节（jiē）点；
无根树只表明了节（jiē）点之间的关系，没有进化（huà）方向，但是通过引入外（wài）群（outgroup）或外部参考物种可以在无根树中指（zhǐ）派根（gēn）节点。
1. 使（shǐ）用MEGA6根据细菌的（de）16s rRNA基（jī）因或者（zhě）真菌的18s rRNA基因的构建方法
为（wéi）何（hé）要建系统发育树？就（jiù）是要把你的（de）目的微（wēi）生物与其它（tā）微生物（wù）间的亲缘关系，用系统发育（yù）树直观的表示出来（lái）。下面是具体的步骤（zhòu）：
首先准备你将要（yào）建（jiàn）树的序列，可以将你的序列在NCBI上（shàng）进（jìn）行Blast查找出（chū）相近的序（xù）列，下载下来，可以都放到一个Text文件中（都（dōu）是fasta格式）。（以下是具体步骤，黑体为软件选项）
打开MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是（shì）蛋（dàn）白质（zhì）则选择Protein）（这就打开了一个序列比对的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列（liè）的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直接（jiē）点（diǎn）击（jī）OK）——等待比（bǐ）对（比（bǐ）对结果（guǒ）相（xiàng）同的碱基会（huì）在（zài）同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到（dào）主界面进行系统发育树的构建）——Phylogeny（可（kě）以选择构建树的方（fāng）法，一般是邻接法neighbor-joining和最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这里选（xuǎn）择构建邻（lín）接树，会出（chū）现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择（zé）Bootstrap method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好（hǎo）了（le），在树（shù）的生成界面可以对（duì）其形状大小等进行调节。
生物系统（tǒng）发育树的图形（xíng）化显示软件着（zhe）重（chóng）研究系统发育（yù）树（进化树）的描述方法、进化树表示的Newick格式（一种嵌套（tào）结构的文本（běn））、运用栈的（de）数据（jù）结构与算（suàn）法于（yú）自动解析（xī）文本描述的进化树拓（tuò）扑结构（gòu）、以及进（jìn）化树的图形编程实现技术等。
