InterViewer 4.0(蛋白质分析软件),蛋白质蛋白质(zhì)相互(hù)作用网络通常包括数(shù)千个节点或更多,严重限制了(le)许多图绘图工具的(de)用(yòng)处,因为他们变得(dé)太慢的(de)交互式(shì)分析的(de)网络因为他们产生杂乱许多(duō)边缘过路的图(tú)纸(zhǐ)。我们目前新、 速度极快的布局算法及实现可视化大(dà)规(guī)模蛋白质相互作(zuò)用网络称为 InterViewer。
InterViewer蛋白质结构分析软(ruǎn)件(jiàn)是(shì)生物信息工程中(zhōng)最基本也是最重(chóng)要的数据之(zhī)一 -,通常都需要使用专业(yè)的(de)绘图工(gōng)具InterViewer才能够处(chù)理。蛋(dàn)白(bái)相互(hù)作用(yòng)网络经常包括数千或(huò)更多节点(diǎn)的,这(zhè)严重地限制(zhì)了许(xǔ)多图表的绘图工具的实用性,因为他们成为网络(luò)的交(jiāo)互(hù)式anal- ysis太(tài)慢(màn),因为它们产生(shēng)混乱附图与许多边交叉。我们(men)提(tí)出了一个新的(de),非常(cháng)快速的布局算法及其实现,叫做InterViewer3可视化(huà)大规模的蛋白质相互作用网络。
(1)这是一个数量级的速度更快,
(2)它(tā)可以直(zhí)接可(kě)视化从蛋白质(zhì)相互作用数据库中的数据
(3)它提供(gòng)了几个(gè)操作(zuò)为有效探索大(dà)规模蛋白相互作用网络。
(1)首先找到整个网(wǎng)络的连接的(de)部件的(de)布局,
(2)发现与所连接的组件中相对于枢轴节点(diǎn)的节(jiē)点的(de)全球(qiú)布局,
(3)细(xì)化每个被连接成分的(de)由第一重新定(dìng)位的本地布局midnodes就其cutvertices和cutvertices的直接邻国,然后通过重新定位(wèi)的(de)所有(yǒu)节点相对于他(tā)们的邻居在距离2的优势
