分（fèn）析PDB蛋白质（zhì）数据SecStAnT是（shì）一个轻量级的（de）应用程（chéng）序设计（jì）来帮（bāng）助你分析PDB（蛋白质数据银（yín）行）的文（wén）件和生成的数据集的（de）结构组（zǔ）成。体积小，但功能强大（dà）。界面（miàn）非常清爽，简单易操作。
secstant可（kě）以在不（bú）同级别的（de）分辨（biàn）率，处理数据，进行统计（jì）分析和（hé）计（jì）算变（biàn）量的分布。
PDB文件本质是一种ASICLL码文件，可以用普通的文本编辑器编辑（jí），也可以用专业（yè）软件编辑。不过要展（zhǎn）示该文件所表示的（de）蛋白质三维空间结构则（zé）需要借助相（xiàng）关软件，如winCoot、Moe等。
1.X-ray衍射（shè）晶体学成像
X射线衍（yǎn）射晶（jīng）体学是最早用于结构（gòu）解析的实（shí）验方（fāng）法之一。X射线是一种高能（néng）短（duǎn）波（bō）长（zhǎng）的电磁波（bō）（本质上属于光子束），被德国科学家伦琴发现，故又被称为伦琴射线。理论和实验（yàn）都证明（míng）了，当X射线打击在分子晶体颗粒上的时候，X射线（xiàn）会发生衍（yǎn）射效应（yīng），通过（guò）探测器收（shōu）集这些衍射信号，可以了解晶（jīng）体中电（diàn）子密度的分布，再据此析获（huò）得粒子的位（wèi）置信息。利（lì）用（yòng）这种特点，布（bù）拉格父子（zǐ）研制出了X射线分光计并（bìng）测（cè）定了一（yī）些盐晶体的结构和（hé）金刚石结构。首（shǒu）个（gè）DNA结（jié）构的解析便（biàn）是利用X射线衍射晶体学获得的。
后来（lái），获得X射线来（lái）源的（de）技术得到了改进，如今更多（duō）地使用（yòng）同步辐（fú）射的X射线源。来自同步（bù）辐射的（de）X射线源可以调节（jiē）射线的波长和很高的亮度，结合多波长（zhǎng）反常散射技术，可以（yǐ）获（huò）得更高精度的晶体结构数据，也成为了（le）当今（jīn）主流的（de）X射线（xiàn）晶（jīng）体成（chéng）像学方法。由X射（shè）线衍射晶体学解（jiě）析的结（jié）构在RCSB Protein Data Bank中占到了88%。
X射（shè）线衍射成像（xiàng）虽然得到（dào）了长（zhǎng）足的发展，仍然有（yǒu）着一定的缺点。X射线对晶体样本有着很大的损（sǔn）伤（shāng），因此常（cháng）用低（dī）温液氮环境来保护（hù）生物大分子晶（jīng）体，但是这种（zhǒng）情况下的晶（jīng）体（tǐ）周围（wéi）环境非常恶劣，可（kě）能会对晶体产生（shēng）不良影响。而（ér）且，X射线衍射（shè）方法（fǎ）不能用来解（jiě）析较大的蛋（dàn）白质。
2.NMR核磁（cí）共振成像
核磁共振成像（xiàng）NMR全（quán）称Nuclear magnetic resonance，最早在1938被Isidor Rabi （1946年诺贝（bèi）尔奖（jiǎng））描述，在上（shàng）世纪的后半叶得到了长足（zú）发展。其（qí）基（jī）本理论是，带有（yǒu）孤对电子的原子（zǐ）核（自（zì）选（xuǎn）量子数为（wéi）1）在外界磁场（chǎng）影响下，会导致原子核的能（néng）级发生塞曼分裂（liè），吸收并释（shì）放（fàng）电（diàn）磁辐射，即产生共振频谱。这种共振（zhèn）电磁辐射（shè）的频率与所处磁场强度成一（yī）定比（bǐ）例。利用（yòng）这种特性，通过分析特（tè）定原（yuán）子释放（fàng）的电磁辐（fú）射结合外加磁场（chǎng）分别，可以用（yòng）于生（shēng）物大（dà）分子（zǐ）的成像或者其他领域的成像。有些时候（hòu），NMR也（yě）可以结合（hé）其他（tā）的实验方法（fǎ），比如（rú）液相色谱或者（zhě）质谱（pǔ）等。
RCSB Protein Data Bank数据库中存在大约11000个用（yòng）NMR解析的生物大分子结构，占到总数大约10%的结构（gòu）。NMR结构（gòu）解析（xī）多是在溶液状态下（xià）的蛋白（bái）质结（jié）构，一般认为比起晶体结构能够描述生物大（dà）分子在（zài）细胞内真实结构。而（ér）且，NMR结构解析能够（gòu）获得（dé）氢原（yuán）子的结构位（wèi）置（zhì）。然而（ér），NMR也并非（fēi）万能（néng），有时候也会因为蛋白（bái）质在溶液（yè）中结（jié）构不稳（wěn）定能（néng）难得获取稳（wěn）定的信号（hào），因此，往往借助计（jì）算（suàn）机建模或者其（qí）他方法完善（shàn）结构（gòu）解析流程（chéng）。
3.Cryo-EM超低温电子（zǐ）显微镜成像
电子显微镜最早出现在1931年，从设计之初就是（shì）为了试图获得（dé）高（gāo）分辨率的（de）病（bìng）毒图像。通过电子束打（dǎ）击样本获得（dé）电子的（de）反射而获取样本的图像（xiàng）。而图像的分辨率（lǜ）与电子束的速（sù）度和入射角度相关。通过加速的（de）电子束照射特殊处理过的样品表明，电子（zǐ）束反射，并被（bèi）探测（cè）器（qì）接（jiē）收，并成像从而获得图像信（xìn）息。具体做法（fǎ）是，将样品迅速至于超低温（液氮环境）下（xià）并（bìng）固定（dìng）在很薄（báo）的乙烷（或（huò）者（zhě）水中），并置于样（yàng）品池，在（zài）电子（zǐ）显微镜下成（chéng）像。图像获得后，通过分析图像中数（shù）量众多（duō）的同一种蛋白（bái）质在不同角度（dù）的形状，进行（háng）多次的计算机建模（mó）从而可以获得近原子级别的精（jīng）度（最低可以到2.0埃（āi））。
