FASTA(核（hé）酸与蛋白（bái）序列同源性比对软件)，在Internet上有许多的在（zài）线FASTA查找服务，查找某数（shù）据（jù）库中（zhōng）的同源序列。也可下载后离线使用。将一条序（xù）列与（yǔ）另一条序列进行比较或在数据库中（zhōng）查找同源序列并输出。
蛋白（bái）质的磷酸化与糖基化对蛋白（bái）质（zhì）的功能影响很大，所以对（duì）其的分析也是生物信息学的一（yī）个部分。
同时，分子（zǐ）进化方面的研究表明，蛋白质（zhì）的不同区（qū）域（yù）具有（yǒu）不同的进（jìn）化速（sù）率，一些氨（ān）基（jī）酸必（bì）须在（zài）进化过程中（zhōng）足够保守以实现蛋白（bái）质的功能。在序列模式的鉴定方（fāng）面（miàn）有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列（consensus sequence）或基（jī）序各残基的（de）匹配模式，该技术（shù）可用于十分（fèn）容易并快速搜（sōu）索motif数据（jù）库。
核酸（suān）是由许多 核（hé）苷酸聚合成（chéng）的 生物大分子（zǐ） 化合物，为生命的最基本物质之一。核（hé）酸广泛存在于所有动植物 细胞、 微生物体内（nèi），生物体内的核酸常（cháng）与蛋白质结合形成 核蛋白。不（bú）同的核酸，其化学组成、核（hé）苷酸排列顺序等不同。根（gēn）据化学（xué）组成（chéng）不同，核酸可分为 核糖（táng）核酸（简（jiǎn）称 RNA）和 脱氧核糖核（hé）酸（简称 DNA）。DNA是储存、复（fù）制和传（chuán）递 遗传信（xìn）息（xī）的（de）主要物（wù）质基础。RNA在 蛋白质合成过程中起着重要作用（yòng）——其中转运核糖核（hé）酸，简称（chēng） tRNA，起着携带和转移活化（huà） 氨基酸的（de）作用； 信（xìn）使核糖（táng）核酸，简称mRNA，是合成蛋白质的模板； 核糖体的核糖（táng）核（hé）酸，简称 rRNA，是细胞合成（chéng） 蛋白质的主要（yào）场所。
蛋白（bái）质是生命的物质（zhì）基础，没有蛋白质就没有生命。因此，它是与生命及与各种形式（shì）的生（shēng）命活动紧密联系在一起（qǐ）的物质。机体中的每一个细胞和所（suǒ）有重（chóng）要组成部分都有蛋白质参与。蛋白质占人体重量的16%~20%，即一（yī）个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6~12kg。人体内蛋白质的种（zhǒng）类（lèi）很多，性质、功能各异（yì），但都是由（yóu）20多种氨基酸按不同比例（lì）组合而成的，并在体内（nèi）不断进行（háng）代谢（xiè）与更新。
