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1.三（sān）维分子（zǐ）类
2.DNA分析（xī）
3.RNA分析
4.蛋白质分析
5.生化教学
6.生化（huà）工程
7.序（xù）列（liè）格式转换
8.引物分析
9.序列综（zōng）合分析
10.进化树分析
11.质（zhì）粒绘图
12.图像处理（lǐ）
13.数据处理
14.检索（suǒ）与阅读
15.基因芯片
16.其他功能软件
17.化（huà）学绘图
18.化学应用
19.在线综合（hé）工具
20.在线蛋白工具
21.RNA analysis
22.在（zài）线引物设计。
分子生物信息数据库是（shì）种类繁多。归纳起来（lái），大体可以分为（wéi）4个大类，即基因组数（shù）据库、核酸和蛋白质一级结构序列数据库（kù）、生物（wù）大（dà）分子（zǐ）(主要（yào）是蛋白质)三维空间结（jié）构数据库、以上（shàng）述3类（lèi）数据库和文献资料（liào）为基础构建的（de）二次数据（jù）库（kù）。基因组数（shù）据库来（lái）自（zì）基因组作图（tú），序列（liè）数据库来自序列测定，结构（gòu）数据库来自X-衍射（shè）和核磁共振结构测定。这（zhè）些数（shù）据库是（shì）分子生物信息学的基本（běn）数（shù）据资源，通常（cháng）称为基本数据库（kù），初始数据库，也称（chēng）一（yī）次数据库。根据生（shēng）命（mìng）科学不（bú）同（tóng）研究领域的实际需要，对基因组图（tú）谱、核酸和蛋（dàn）白质序列、蛋白质结构（gòu）以（yǐ）及文（wén）献等数据进（jìn）行分析（xī）、整理、归纳、注释，构建具有特（tè）殊生（shēng）物学意义和专（zhuān）门用途的二次（cì）数据库（kù），是数据库开发的有效途径（jìng）。近年来，世界各（gè）国的生物学家和计算机科（kē）学家合作，已经开发了（le）几百个二次数据（jù）库和（hé）复合数据库，也称专门数据库、专业数据库、专用数据库。
