QDMR，这实际（jì）上是短期的定量差异甲（jiǎ）基化区域(Methylated )建设（shè）成为一个（gè）定量的（de）方法来量化的甲基化差异。
QDMR面向实验室用户和生物信息学研究者，分析高通（tōng）量实验测（cè）定（dìng）的（de）各物种全（quán）基（jī）因组DNA甲（jiǎ）基化数据，用（yòng）于筛选（xuǎn）各种生命状态（tài）（如发育过程、各种复杂疾（jí）病（bìng））之间的差异甲基（jī）化区域，并（bìng）对其（qí）予以（yǐ）图（tú）形化展示。
该软（ruǎn）件能够处理来自于（yú）三大（dà）芯片公司（sī）Affy， Illumina和NimbleGen的全基（jī）因组甲基化芯片数据（jù）。同时软件系统可以（yǐ）将用户感兴（xìng）趣的（de）基因组区域在全基因（yīn）组注释数据库EUCSC上进行全（quán）基因组的（de）注释，且能够对差异甲基化区域相关的基因进行GO和（hé）KEGG功能注释。用户可以通过系（xì）统保存所有的（de）差异甲基化区域、非甲（jiǎ）基化区域及其功能注释等信息。还可（kě）以输（shū）出感（gǎn）兴趣的差异甲基化（huà）区域的图形。基于香农信（xìn）息（xī）熵的算法可以在（zài）不同癌症（zhèng）样本间及癌（ái）症与（yǔ）正常组织（zhī）间进行筛选和定量化差异甲基化区域（yù）。通过对当前的信息熵算法进（jìn）行优化后（hòu），使之能够应用（yòng）到甲（jiǎ）基化差异的定量（liàng）化（huà）研究中（zhōng）。该软件已经用于识别组织间差异（yì）甲基化区域，发现了（le）一（yī）些新的功能性差异（yì）甲基化区域，同时该方法降低了假（jiǎ）阳（yáng）性率。在此（cǐ）基础（chǔ）上通过确定筛选（xuǎn）癌症差异（yì）甲（jiǎ）基（jī）化区域的（de）阈值，从全（quán）基因组水（shuǐ）平筛选癌症（zhèng）样本（běn）与正常样本间的差（chà）异（yì）甲（jiǎ）基化区（qū）域，探讨癌（ái）症的发生机制，以（yǐ）及从不同癌症间筛差异甲基化区域（yù），以揭示癌（ái）症的异质性。
甲基化是指从活性甲基（jī）化合物(如S-腺（xiàn）苷基甲硫氨酸)上（shàng）将（jiāng）甲基催化转移到其他化合物的过程（chéng）。可形成各种甲基化合物，或是对某些蛋白质或核酸等进行（háng）化学修饰形成甲基化产物（wù）。在生（shēng）物（wù）系统内（nèi），甲基化（huà）是经酶催化（huà）的，这种甲基化（huà）涉（shè）及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功（gōng）能（néng）的调节以及核糖核酸(RNA)加工。
