COCAS(染色质（zhì）免疫沉（chén）淀基（jī）因芯片（piàn）分（fèn）析)是（shì）一款教（jiāo）学（xué）软件，染色质免疫沉淀基因芯片分（fèn）析ChIP-on-chip软件包WindowsLinux (requires R 2.6.2 and Java 1.6)Mac OSX (requires R 2.6.2， Java 1.5 and X11) 。时下互联网常用的教育教（jiāo）学软件之一，该软（ruǎn）件纯绿色（sè）免费无毒，请放心使用。
染（rǎn）色体（tǐ）免（miǎn）疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展起来的方法，也称结（jié）合（hé）位点（diǎn）分（fèn）析法（fǎ），在过去（qù）十年已经成为表观遗传信息研究的主要方法。这项技术帮助研究者判断在细胞核（hé）中基因组的某（mǒu）一特定位置会出现（xiàn）何种组蛋白修饰。ChIP不仅可以检测体（tǐ）内反式因子与DNA的动态作用，还可（kě）以用（yòng）来研究组蛋白的各种（zhǒng）共价修饰与（yǔ）基因表达的（de）关系。近（jìn）年来，这种技术（shù）得到不断的发展和完善。采用结合微（wēi）阵列技术在染色体基因表（biǎo）达调控区（qū）域检查染色体活性，是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系（xì）统紊乱等疾病（bìng）的主要代谢（xiè）通路（lù）的一种非（fēi）常有效（xiào）的工具（jù）。
它的原理是在保持组蛋（dàn）白（bái）和DNA联（lián）合的同（tóng）时（shí），通过运（yùn）用对应（yīng）于一个特定（dìng）组（zǔ）蛋白标记的生物抗体，染（rǎn）色（sè）质被切成很小（xiǎo）的片断，并沉淀下来。IP是利用（yòng）抗原蛋白（bái）质和（hé）抗（kàng）体的特异（yì）性结合以及细菌（jun1）蛋白质的“prorein A”特异性地（dì）结合到（dào）免疫球蛋白的FC片（piàn）段的现象活（huó）用开发出来的方法。目前多用精制的prorein A预先结（jié）合（hé）固（gù）化（huà）在argarose的beads上，使（shǐ）之与含有抗原的溶液及抗体反（fǎn）应后（hòu），beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的（de）。实验最需（xū）要注意点（diǎn）就是（shì）抗体的性质。抗体不同和抗原结合能（néng）力也（yě）不同，免染（rǎn）能结合未必能用在IP反应。建议仔细检查抗体的说明（míng）书。特别是多抗的特异性是（shì）问题。其次，要注意溶解（jiě）抗原的缓冲液（yè）的性质。多数（shù）的抗原（yuán）是细（xì）胞构（gòu）成（chéng）的蛋白，特别饰淦髑架蛋白，缓冲液必须（xū）要使其溶解。为此（cǐ），必须使用（yòng）含有强界面活性剂（jì）的缓冲液，尽（jìn）管（guǎn）它有可能影响一部分抗原（yuán）抗体的结合。另一（yī）面，如用弱界面活性剂溶解细胞，就（jiù）不能充分溶解细胞蛋白。即（jí）便（biàn）溶（róng）解也产生与（yǔ）其它的蛋白结（jié）合的结果，抗原（yuán）决（jué）定族（zú）被封闭，影（yǐng）响与抗（kàng）体的结合，即使IP成功，也是很多蛋白与抗体共沉的（de）悲惨（cǎn）结果。再次（cì），为防止蛋白的分（fèn）解，修（xiū）饰，溶解抗原的缓（huǎn）冲液必须加蛋白酶抑制（zhì）剂，低温下进行实验。每次（cì）实验之（zhī）前（qián），首先考虑抗体（tǐ）/缓冲液的比例。抗体过（guò）少就不能检出抗原，过多则就不能（néng）沉降在beads上，残存在上清。缓冲剂太少则不能（néng）溶解抗（kàng）原，过多则（zé）抗原被稀释（shì）。
真核（hé）生物的基因（yīn）组（zǔ）DNA以染色质的（de）形式存在。因（yīn）此，研究蛋白（bái）质与DNA在染色（sè）质（zhì）环境下的相互作用是阐（chǎn）明真核生（shēng）物基因表达机制的基本（běn）途径。染色（sè）质免疫沉淀技（jì）术（chromatin immunoprecipitation assay， CHIP）是目前唯（wéi）一研究体内DNA与（yǔ）蛋白质相互作（zuò）用的（de）方法。它的（de）基本原理是在（zài）活细胞状态下（xià）固（gù）定蛋（dàn）白（bái）质－DNA复合物，并（bìng）将其随机切断为一定长度（dù）范围内（nèi）的染色（sè）质小片段，然后通过免疫学方法（fǎ）沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通（tōng）过对（duì）目的片（piàn）断（duàn）的纯（chún）化与检测，从而获得蛋白（bái）质与DNA相互作（zuò）用的信息。CHIP不（bú）仅可以（yǐ）检测（cè）体内反式因子与（yǔ）DNA的动态（tài）作用，还可以用来研究（jiū）组（zǔ）蛋白的各种共价修饰与（yǔ）基因表达的关系。而且，CHIP与（yǔ）其他方（fāng）法的结合，扩大了其应用范（fàn）围（wéi）：CHIP与（yǔ）基（jī）因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已（yǐ）广泛用于特（tè）定反式（shì）因子靶基因（yīn）的高通量筛选；CHIP与体内足（zú）迹法相结合，用于（yú）寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的（de）作用。由此（cǐ）可见，随（suí）着（zhe）CHIP的进一（yī）步完善，它（tā）必将会在基因表达（dá）调控研究中发挥越（yuè）来越重（chóng）要（yào）的作用。
