免费核酸序列分析工具(jù)Seqool是一种免费(用于(yú)教育用途)序列分析软件,主要(yào)用于在核酸序列中搜索生(shēng)物信号。序列分析(xī)程序包(bāo)提供了几(jǐ)种模(mó)式识别模型,但它还包括最常见的序列分(fèn)析(xī)统计,如GC含量、密(mì)码子使用等(děng)。
1、使用Entrez或SRS信(xìn)息查询(xún)系(xì)统检(jiǎn)索人瘦素(sù) (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显(xiǎn)子和5’调控区 (promoter) 等核酸序列,连接提取(qǔ)该序(xù)列内容,阅读序列格式的解释,理解(jiě)其(qí)含义;
2、使用BioEdit软件对上述(shù)核酸(suān)序(xù)列进行分子(zǐ)质量、碱基组(zǔ)成、碱基分(fèn)布、序列变(biàn)换以及限(xiàn)制性(xìng)酶切分(fèn)析等基本分析,并从(cóng)BioEdit软件(jiàn)的“help”栏了解该软件的(de)其它功能;
3、使用BioEdit软件对人瘦(shòu)素 (leptin) 的mRNA序列进行可读(dú)框架分析;
4、使用(yòng)NCBI查询系统进行人瘦(shòu)素 (leptin) 的基(jī)因组(zǔ)序列分(fèn)析和基因的电子表达谱分析;
5、使用Blast2进行(háng)人(rén)瘦素 (leptin) mRNA序列与其外显子或基因组序列的比对分析。
1、调用Internet浏览器,并在其地址栏输入Entrez网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez;
2、在Search后的(de)选择栏中选择nucleotide;
3、在输入栏输入homo sapiens leptin;
4、点击go后显(xiǎn)示序列接受号及序列名称等;
5、查(chá)找人(rén)leptin (obesity homolog, mouse) mRNA序列(提示:NM_000230),点击序列接受(shòu)号后显示序列详细信息;
6、将序(xù)列转为FASTA格式保存
7、根据(jù)从NM_000230了解的(de)基(jī)因定位信息查找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受(shòu)号及序列(liè)识(shí)别号,点击(jī)序列(liè)接受(shòu)号显示序列详细信息(xī);
8、在输入(rù)栏输入homo sapiens leptin exon查找人(rén)瘦素外显子(zǐ)序列;
9、在输入栏输入(rù)homo sapiens leptin promoter查找人瘦素5’调控区序列;
10、按(àn)上述(shù)步骤用SRS信(xìn)息(xī)查询系统检索人(rén)瘦(shòu)素(sù) (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显(xiǎn)子和5’调控区 (promoter) 等(děng)核酸序列;
11、将上述核酸序列输入BioEdit和DNAClub软件进行序列基(jī)本分析;
12、打开(kāi)BioEdit软件,点击“help”栏(lán),阅(yuè)读“contents”;
13、将人瘦素 (leptin) 的mRNA序列输入BioEdit软件进行可读框架分析:打开BioEdit软件(jiàn)→将人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框(kuàng)中的序列(liè)说明(míng)→点击sequence栏→选择nucleic acid→点击(jī)find next ORF→查看起始密(mì)码位置和(hé)编码区范围(57→557);
14、参照教材(cái)使用NCBI查(chá)询系统进行人瘦素 (leptin) 的(de)基因组序列分析和基(jī)因的电(diàn)子表达谱分析;
15、人(rén)瘦素 (leptin) mRNA序(xù)列与其外显子或基因组序列的比对分(fèn)析:调用Internet浏览器(qì)并在(zài)其地址栏输入Blast2网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrezgorf/bl2/html) →将人瘦素 (leptin) mRNA和外显子的FASTA格(gé)式序列分(fèn)别输入sequence2和sequence1分析框或将人瘦素 (leptin) mRNA和基因组序列的GI版本号输入(rù)sequence2和(hé)sequence1的(de)GI版本号框→点击Align后显示两序列比(bǐ)对的详细信(xìn)息(xī)→查找(zhǎo)mRNA序列(liè)上各(gè)外显子的位置。
核(hé)酸是(shì)由许多核苷酸聚合成的生物大分(fèn)子化合物,为生(shēng)命的最(zuì)基(jī)本物(wù)质之一。核酸广泛存在于(yú)所有动物、植(zhí)物细胞、微生物内、生物体内核酸常与蛋白质结合形成核(hé)蛋白(bái)。不(bú)同的核酸,其化学组成、核(hé)苷酸排列顺序等不(bú)同。根据化学组(zǔ)成(chéng)不同,核酸(suān)可分为核(hé)糖核酸,简称RNA和脱氧核糖核(hé)酸,简称DNA。
