序列拼接工具（jù）cap3-windows版，is for small-scale assembly of EST sequences with or without quality values.用于少（shǎo）量的序列拼（pīn）接（jiē）。
利用正（zhèng）反向（xiàng）进行（háng）拼接，更正拼接错误、连接 contigs。
应用 reads 的（de）质（zhì）量信息（xī）。
自动截去 reads5`端（duān）、3`端（duān）的低质量区。
产生（shēng） Consed 程（chéng）序可读的 ace 格式。
?CAP3 能用于（yú） Staden 软件包的中（zhōng）的 GAP4 软件。
程序运行命令（lìng）行:
cap3 File_of_reads [options]
如： cap3 seq.fa
输入 序 列 是 普 通 的 FASTA 格 式 的核酸序列， 如 果 序（xù） 列 文 件 名 为（wéi） “ xyz ” ， 则 质 量 文（wén） 件 应 命 名 为“xyz.qual”，约束文（wén）件（jiàn）应命名为“xyz.con”。在命（mìng）令（lìng）行中只（zhī）需输入序列文件（jiàn），程序会自（zì）动在相应的目录中寻找相应（yīng）的质量文件和约束文件（jiàn）。
一般质量文件和约束文（wén）件不对于CAP3来时（shí）说（shuō）不（bú）是必须（xū）的，也（yě）就是当这两个文件不存在的时候程序（xù）按（àn）照设（shè）定的默认（rèn）值来处理。
