EMBOSS快速指南文档(dàng)是一个开源的序列分析(xī)软件包,可在UNIX系统上以命令(lìng)行(háng)方式运行,目前(qián)也已经有基于X窗(chuāng)口(kǒu)系统和(hé)Web的图形界面的(de)EMBOSS。
该软件(jiàn)包(bāo)源(yuán)于1988年开(kāi)始开发的EGCG系统,整合了目前可以获(huò)得的大部(bù)分(fèn)序(xù)列分析软件,并(bìng)有(yǒu)一套专(zhuān)门设(shè)计的C语(yǔ)言库函数。
程序(xù)帮助
寻(xún)找一个程序,可以使用EMBOSS 应用程序wossname,用一个(gè)关(guān)键字对(duì)所有程序的(de)描述(shù)
进行搜索。
wossname keyword 显示在描(miáo)述信息中包含该关(guān)键字的所有程序列表
wossname -alphabetic –auto 显示所有程序
programname –help 给出该(gāi)程序的可用参数
tfm programname 显示该程(chéng)序的文档。
序列格式(shì)
序列储存(cún)在数据(jù)库内或是(shì)以纯文(wén)本存于文件内。EMBOSS不支(zhī)持Word处理的文(wén)件!缺省
的序列格(gé)式(shì)是fasta。这个格式的第一行是初始标题行包含一个“>”,其后是序列描述的,
第二行及以后的行是序列,例如(rú):
>fau Human FAU gene fragment
GACCGGCCAGGAAACGGCATG
当前的EMBOSS 支(zhī)持(chí)42 种(zhǒng)格式,包(bāo)括Clustal, EMBL, GCG, GenBank, PIR, MSF, Phylip,
SwissProt, Text(raw)。
所(suǒ)以程序的缺省输出(chū)可以通过环(huán)境变量的设置来(lái)改变:
setenv EMBOSS_OUTFORMAT format
等(děng)用程序
embossdata 找到或取(qǔ)出用EMBOSS程序读入的数据文件
embossversion 显示出当(dāng)前(qián)EMBOSS的版本号
本文档由(yóu)英国EMBnet节点(diǎn)的Lisa Mullan设计(jì)和撰写,由EMBnet的P&PR发布委(wěi)员会(huì)发
布。
EMBnet-欧(ōu)洲分子生(shēng)物学(xué)网(wǎng)络-是一个由众多欧(ōu)洲生物(wù)信息(xī)中心组成的生物信息网络。大(dà)
多数国家都有一个(gè)国家节点,能(néng)为生物信息软件用户提供培(péi)训(xùn)课程(chéng)和其(qí)他形式的(de)帮助。
你能从(cóng)EMBnet站点发现关于你的国(guó)家节点的信息:
[url]http://www.embnet.org/[/url]
EMBOSS快捷指(zhǐ)南。
对部分功能进(jìn)行了优化。
