Cartes分(fèn)子和(hé)晶体(tǐ)结构坐标编辑器下载,象Chem3D这样专业的软件目前尚没有(yǒu)自动识别点群的功能,而GaussView的3.07以(yǐ)来的版(bǎn)本已经增(zēng)加了此项(xiàng)功能,但(dàn)是其准确程度令人担忧。似乎GaussView倾向于低估分子(zǐ)的对称性,例如它往往无法(fǎ)判断出高(gāo)于6重(chóng)轴的对(duì)称性,如碳管(guǎn)(7,7),GaussView给出的点群是(shì)C2h,而实际是D7d;又比如碳管(5,5),它认为其(qí)点群(qún)是C5,而(ér)实际是D5d。
(1)晶体的分数坐标转(zhuǎn)化成直(zhí)角坐标。
(2)晶体(tǐ)的直角坐标转化(huà)成分数坐(zuò)标。
(3)生成向a,b,c三个方向堆积(jī)i,j,k个晶胞(bāo)的全部分数坐标或直角坐标(biāo)。
(4)生(shēng)成按(àn)照给(gěi)定对称(chēng)性关系(xì)得出的(de)所(suǒ)有(yǒu)相关原(yuán)子(zǐ)的分数坐标(biāo)或直角坐标。
(5)按照指定需要任意平移(yí)、旋转、反(fǎn)映或反演(yǎn)当前的(de)坐标(biāo)。
(6)将一组坐标的中心平移(yí)到原(yuán)点。
(7)判断(duàn)分(fèn)子的点群。
自(zì)动识(shí)别点群:象Chem3D这样专业的软件目前尚没有自动识别点群的功能,而GaussView的3.07以来(lái)的版本已经增加了此项(xiàng)功能(néng),但是(shì)其准确程度令人担忧。似乎(hū)GaussView倾向于低估(gū)分子的对称性(xìng),例如它往往(wǎng)无法判断出高于6重轴的对称性(xìng),如碳管(guǎn)(7,7),GaussView给出的点(diǎn)群是C2h,而(ér)实际是D7d;又比如碳管(5,5),它认(rèn)为(wéi)其点群是C5,而实际是D5d。
可(kě)见自己(jǐ)动手写一个自动识别点群的程序是(shì)很具有挑战性的,于是我就写了这(zhè)样的(de)程序,现在正好把它集成(chéng)到Cartes软件里来了。
关于对Cartes-分子和晶(jīng)体结构坐标编辑器称操作的使用(yòng)
当选择“对(duì)称操作”后,会弹出一个输入对称性操作矩阵(zhèn)的面板,对称性操作矩阵的格式和意义如(rú)下:
每(měi)一个对称性(xìng)相关矩阵必须以%(表示该对称性相关矩(jǔ)阵对分数坐标进行操作,其平移量采用分数坐标的(de)单位)或#(表示该
对称性相关矩(jǔ)阵(zhèn)对直角坐(zuò)标进(jìn)行(háng)操作,其平移(yí)量采用(yòng)以埃为单(dān)位)开(kāi)头,换行或空格后,就输(shū)入对称性相关矩阵,格式为:
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的单位由标识符‘%’和‘#’指明(含义见上),对于同一(yī)个输入(rù)文件‘%’和‘#’可以混(hún)合使用。

