引物（wù）设计（jì）软件（Primer design software）下载（zǎi），是一款行业软件软件！引物（wù）设（shè）计软件是一（yī）款由加拿大的Premier公司开发（fā）的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件（jiàn），其（qí）主要界面（miàn）是（shì）分为序列编辑窗口（Genetank），引（yǐn）物设计窗口（Primer Design），酶（méi）切分析窗口（Restriction Sites）和（hé）纹基分析窗口（Motif）。
“Premier”的（de）主要（yào）功能（néng）分四大块，其中有三（sān）种功能比（bǐ）较常用，即引物设计、限制性（xìng）内切酶位点分析和DNA 基元（yuán）(motif)查找。“Premier”还具有同源性分（fèn）析功能，但并非其特（tè）长（zhǎng），在此略过。此（cǐ）外，该（gāi）软（ruǎn）件还（hái）有一（yī）些特殊功（gōng）能（néng），其中最重要的是设计简并引物（wù），另（lìng）外还（hái）有序列“朗（lǎng）读”、DNA 与蛋白（bái）序列的互换、语（yǔ）音提示键盘输入（rù）等等。
有（yǒu）时需要根据一段氨基（jī）酸（suān）序列反推到DNA 来设（shè）计引物，由于大多数（shù）氨（ān）基酸（20 种（zhǒng）常见结（jié）构氨基（jī）酸中的18 种）的遗传密（mì）码不只一种（zhǒng），因此，由氨基酸序列反推DNA 序（xù）列时，会遇到（dào）部分（fèn）碱（jiǎn）基的不（bú）确定性。这样设计并合成的引物实际上是（shì）多（duō）个序列的（de）混（hún）和物，它们（men）的序列组成（chéng）大部分（fèn）相（xiàng）同，但（dàn）在某些（xiē）位点（diǎn）有所变化（huà），称（chēng）之为简（jiǎn）并（bìng）引物。遗传密码规则因物种或细（xì）胞亚结构的不（bú）同而异（yì），比如在线粒体内的遗（yí）传密码（mǎ）与细胞核（hé）是不一（yī）样的。“Premier”可以针对模板DNA 的来源（yuán）以相（xiàng）应（yīng）的遗（yí）传密码规则转换DNA 和氨基酸序（xù）列。软件共给出八种生（shēng）物亚（yà）结（jié）构的（de）不（bú）同遗传（chuán）密码（mǎ）规则供用户选（xuǎn）择，有纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear）、无脊椎动物（wù）线粒体（Invertebrate Mitochondrion）、支（zhī）原体（tǐ）（Mycoplasma）、植物线粒体（Plant Mitochondrion）、原（yuán）生动物线粒（lì）体（Protozoan Mitochondrion）、一般标（biāo）准（Standard）、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion）和酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）。
引（yǐn）物设计软（ruǎn）件是一款由加（jiā）拿大的Premier公司开发的（de）专业用于PCR或测序（xù）引物以（yǐ）及（jí）杂交探针（zhēn）的设计（jì），评估的软件，其主要界（jiè）面（miàn）是分为序列编（biān）辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（kǒu）（Restriction Sites）和纹基分析（xī）窗口（Motif）。
其主要（yào）功能（néng）在（zài）主界（jiè）面上（shàng）一目了然。限制（zhì）性酶切点分析及基元查找功能（néng）比（bǐ）较简单，点击该功能按钮（niǔ）后，选择（zé）相应的限制性内切（qiē）酶或基元（如-10 序列，-35 序（xù）列等），按确定即可。常见的限（xiàn）制性内切酶和基元一般都可以找（zhǎo）到。你（nǐ）还（hái）可以编辑（jí）或者添加（jiā）新限制性内切酶或基元。
进行引物设计时，打开DNA序列后点击按钮（niǔ）primer，出现“search criteria”窗（chuāng）口，有多（duō）种参数可以调整（zhěng）。搜（sōu）索目（mù）的（Seach For）有（yǒu）三（sān）种（zhǒng）选项，PCR 引物（PCR Primers），测序引物（Sequencing Primers），杂交探（tàn）针（zhēn）（Hybridization Probes）。搜索类型(Search Type)可选择分别或同时查找上、下游（yóu）引物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游引物为（wéi）主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外还可改（gǎi）变（biàn）选（xuǎn）择（zé）区域（Search Ranges），引物长度（Primer Length），选择方式（shì）（Search Mode），参（cān）数选择（Search Parameters）等等。使用（yòng）者可根（gēn）据（jù）自己的需要设定各项参数。如果没（méi）有特殊要求，建议使用（yòng）默认设置。然后按search，随之（zhī）出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时（shí），再按OK，这时搜索结果以表格的（de）形（xíng）式出现，有三种显示方（fāng）式，上（shàng）游（yóu）引（yǐn）物（Sense），下游（yóu）引物（wù）(Anti-sense)，成对显（xiǎn）示（shì）(Pairs)。默（mò）认显示为（wéi）成（chéng）对方（fāng）式（shì），并按（àn）优（yōu）劣次序（Rating）排列，满分为（wéi）100，即各指标基（jī）本都（dōu）能达标。
点击其中（zhōng）一（yī）对引物（wù），如第1#引物（wù），并把上（shàng）述窗口挪（nuó）开或（huò）退出，显示“Peimer Premier”主窗（chuāng）口， 所得结果分三部分（fèn），最（zuì）上面（miàn）是图（tú）示PCR 模板（bǎn）及（jí）产物位（wèi）置，中间是所选的上下游引物的一些（xiē）性质，最（zuì）下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错（cuò）误（wù）引发情况（False Priming），及上下游引物之间二聚体形成情（qíng）况（Cross Dimer）。当所分析的引物（wù）有这四种（zhǒng）结构的形成可能时，按钮由变成，点（diǎn）击该按钮，在左下角（jiǎo）的窗口中（zhōng）就会出现该结构的（de）形成（chéng）情况（kuàng）。一对理想的引物应当（dāng）不存在任何一种上述结构，因此最好（hǎo）的情况（kuàng）是（shì）最下面的分析（xī）栏没有，只（zhī）有。值得（dé）注意的是（shì）中间一栏（lán）的末尾给出该引物的最（zuì）佳（jiā）退火（huǒ）温度（dù），可（kě）参考（kǎo）应用。
在需（xū）要对引物（wù）进行修饰编辑时，如在5’端加入（rù）酶切位（wèi）点，可（kě）点（diǎn）击，然后修（xiū）改引物（wù）序列。若要回到搜索结果中，则（zé）点击按钮。如果要设计简并引（yǐn）物，只需根据（jù）源氨基酸（suān）序列的物种（zhǒng）来源选择（zé）前述（shù）的（de）八（bā）种遗传密（mì）码（mǎ）规则，反推至DNA 序（xù）列（liè）即可（kě）。对简（jiǎn）并引（yǐn）物的分析不需（xū）像一（yī）般（bān）引物那样严格。总之，“Premier”有优秀的引（yǐn）物自动（dòng）搜索功能（néng），同时可进行部分指标的分析，而（ér）且（qiě）容易（yì）使用，是一个（gè）相当不错的软件。
