故事的时间点（diǎn），是在前作「明星异（yì）变」（邪星章（zhāng））的一年之（zhī）后。正（zhèng）处于樱花盛开季节的幻想乡（xiāng），突然出现一颗体积高耸入天的巨大神木「导命（mìng）树」。见到（dào）这异变，让（ràng）「博丽灵梦」与「雾雨魔理沙」这两（liǎng）个主角前（qián）去（qù）现（xiàn）场调查。

 

在那里（lǐ），她们遇到了守矢神（shén）社的主神「八坂神奈子（zǐ）」，以及负责奉祀她（tā）的巫（wū）女「东风谷早苗」。经过询问之后（hòu）才知道，原（yuán）来这颗巨大（dà）的导命树之所（suǒ）以会出现，是神奈子为（wéi）了开发新的（de）洁净能源所（suǒ）造成的结果。

根据早苗的（de）解说，现世（幻想（xiǎng）乡外（wài）面的（de）世界）开始重视因为能源（yuán）生产所造成的环境（jìng）污染（例如核废料）。为了（le）不让环境继续受到污染，所以人类开始朝「洁净（jìng）能源」的大方向迈进，也就是与（yǔ）自然共存（生态学，ecology）。 之（zhī）前曾开发过（guò）核融合（hé）的神奈子，了解到它可能带（dài）来（lái）的负面影响（xiǎng），便（biàn）开始着手新能源（yuán）的开发，也就是众人眼前的导命树（shù）。为了让（ràng）计划顺利进行，神奈子还从（cóng）现世请来一尊负（fù）责（zé）掌管该（gāi）能源的神祇（qí）。

当（dāng）神（shén）奈子说明完毕，想将外（wài）来的（de）神祇介绍给灵梦（mèng）她们认识时，才发现她突然消（xiāo）失了踪影。而导命树也在（zài）同一刻突（tū）然（rán）开始发光，并降下一股无（wú）法视见的力量，让受（shòu）到影（yǐng）响的人物，当场（chǎng）屈（qū）伏在地。

见到这异状，灵（líng）梦（mèng）与魔理沙向神奈子质问，难（nán）道是（shì）新神祇在搞鬼吗。 而神奈子与早苗什么也没说，立刻一（yī）同往导命（mìng）树飞（fēi）去（qù）。看到（dào）这行动（dòng）后，灵梦她们也明白发生了何事，就（jiù）随后跟（gēn）着飞去（qù）。而《东方导（dǎo）命树》的故事，就在这情况下展开。

机体（tǐ）说明

火（huǒ）力A：高速诱导，低速散射8Q5红（hóng）软基（jī）地

火（huǒ）力B：高速（sù）散射，低速集中8Q5红软基地

魔力A：高速尾随（suí），低速贯通8Q5红软基地（dì）

魔力B：高速近距（jù），低速中距（jù）8Q5红软基地

风力（lì）A：高速散射，低速诱导8Q5红软基地

风力B：高速诱导，低速（sù）集中，C键启（qǐ）动（dòng）射击强（qiáng）化（高速启动附（fù）加贯通，低速启动（dòng）附（fù）加集中，bomb威（wēi）力加强，需消耗技能槽）8Q5红（hóng）软（ruǎn）基（jī）地

截图（tú）

8Q5红软基（jī）地

 8Q5红（hóng）软（ruǎn）基地（dì）

8Q5红软基（jī）地