NTSYS-pc(生物形态研究软（ruǎn）件)用于（yú）分析分子生（shēng）物学，是（shì）一（yī）款很具（jù）有专业性的（de）工（gōng）具，能进（jìn）进（jìn）行（háng）生物群体聚（jù）类分析（xī）及相似性分析（xī），分析RFLP，RAPD等电泳带型，计（jì）算遗传（chuán）距离分析聚类树绘图（tú）。P8x红软（ruǎn）基地

软件介绍

ntsyspc是一款（kuǎn）免费的生（shēng）物形态分析软件，这款（kuǎn）软件可以用（yòng）来研（yán）究数据点样（yàng）本，这些样本可（kě）能来自两个或多个（gè）不同的群体，或者使用（yòng）邻接法（fǎ）或UPGMA方（fāng）法（fǎ）构（gòu）建聚类（lèi）图来评估进化树。同（tóng）样可以用于发现某些子集中的变异是相（xiàng）互关联的。P8x红软基地

软件功（gōng）能

1、相似性（xìng）和差异性：关联、距离、34个关（guān）联系数和11个遗传距离（lí）系数。 P8x红软基地（dì）
2、聚类：UPGMA和其（qí）他等（děng）级结构的SAHN方法（可以（yǐ）是多重关系）、邻（lín）接法和共同（tóng）树（shù）的（de）几种（zhǒng）形式。 P8x红软基地
3、图论方法：最短长度的生成树（shù）和用邻接法绘制图片（可（kě）以是无根系统树）。 P8x红软基（jī）地
4、排序：主成分或主（zhǔ）坐标分析、对（duì）应（yīng）分（fèn）析、度量与（yǔ）非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机（jī）分析、方案的多因素分（fèn）析、常见的（de）主成分分（fèn）析（xī）、偏（piān）最（zuì）小（xiǎo）二乘、多关联性和典型相关。 P8x红软（ruǎn）基地
5、图片互动（dòng）：表征图、物种（zhǒng）树、二维散（sàn）点图（tú），相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和（hé）三维视点绘图。 P8x红软基（jī）地
6、多变量（liàng）测试：典（diǎn）型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟（nǐ）实验内容。 P8x红软基地
7、几何形态测（cè）量：包括Procrustes分析的特殊组件，用（yòng）于（yú）叠加重点结（jié）构，绘制（zhì）Procrutes分析的结（jié）果（guǒ）图（tú）片，绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立（lì）叶（yè）系数（shù）（包括2D和3D椭圆图片）和（hé）部（bù）分2D和3D的弯（wān）曲系数并估（gū）算统一（yī）部分。 P8x红软（ruǎn）基地
8、其（qí）他：由同表（biǎo）象相关、Mantel测（cè）试，3-way Mantel测试（shì），数据标准化（huà）和矩阵转化等（děng）进（jìn）行矩阵对比。矩阵可分割或（huò）合（hé）并（bìng）。P8x红软基地

使（shǐ）用方法

一、数据（jù）的处理P8x红软基地
1、读板（bǎn）P8x红软基（jī）地
2、把每一（yī）个引（yǐn）物的（de）读板数据用Excel表格排（pái）成一列：P8x红软基地
eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应（yīng）列表——P8x红软（ruǎn）基地
3、再把上表列成NTSYS能识别的（de）格式——P8x红软基地
eg：10个（gè）材料用satt140读出（chū）5个多（duō）态性位点应列表——P8x红软（ruǎn）基地
（有带读1、无带读0、缺失读999）P8x红软（ruǎn）基地
注：一般（bān）情况下（xià）不只（zhī）是satt140一个（gè）引物（wù），而是多个引物（wù），则应该把各个引物的（de）如上数据（jù）合P8x红（hóng）软基地
成（chéng）在一个工作簿中，并只（zhī）保存（cún）一个工作表sheet1，输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存（cún）盘，如（rú）下图——（这样就可以用NTSYS－pc分析）P8x红（hóng）软基地（dì）
二、NTSYSpc用法P8x红软基地
1、生成矩阵（zhèn）：在excel按如下规则（zé）输入（rù）数据，A1=1表示有（yǒu）带记为1，B1=10表示扩增（zēng）的总条带数（shù）， C1=5表（biǎo）示样本（běn）数，D1=0表（biǎo）示无（wú）带（dài）记为0。第二行表示的是样（yàng）本名（míng）称。从第三行开始的A列（liè）表示引（yǐn）物名称。见下图（tú）：P8x红软基地
输入完毕后，将（jiāng）文件以（yǐ）Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存（cún）盘。并且只（zhī）能保存sheet1一个工作簿。（注（zhù）：这里（lǐ）的B1和C1颠倒，应该在qualitative data一（yī）步中（zhōng）选by rows）P8x红（hóng）软（ruǎn）基地
2、生成系统树（shù）：P8x红（hóng）软基地
打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面P8x红软基地
点（diǎn）击input file，打开生（shēng）成的excel文件，点击out file起一个（gè）文件名（假设叫（jiào）A），然后点击compute按钮。继续点击clustering，出现下面的界面，P8x红软基地
再（zài）点SHAN，出（chū）现如下界面：P8x红软基地
点击（jī）input file，打开文件A，点（diǎn）击out file起一个文件名（假设（shè）叫B），然后（hòu）点击compute按钮。然后点GraphicsP8x红软基地

软件截图

P8x红（hóng）软基地（dì）